limma对于配对样本的处理

一般我们的分组都是独立样本,当遇见配对样本的差异基因寻找时,limma的文档中提供了现成的代码

FileName SibShip Treatment
File1 1 C
File2 1 T
File3 2 C
File4 2 T
File5 3 C
File6 3 T

假设数据如上表,sibship编号相当于配对那么

SibShip <- factor(targets$SibShip) 
Treat <- factor(targets$Treatment, levels=c("C","T"))
design <- model.matrix(~SibShip+Treat) 
fit <- lmFit(eset, design) 
fit <- eBayes(fit) 
topTable(fit, coef="TreatT")

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